Das Institut beschäftigt sich mit Fragen der Geschichte der Staat-Kirche-Beziehungen in der DDR und anderen ehemals realsozialistischen Staaten. Die Politik der herrschenden Machteliten gegenüber Kirche und Religion steht dabei ebenso im Mittelpunkt wie die Stellung der Kirchen und Religionsgemeinschaften zum Staat sowie der Alltag der Christen. Der historische Vergleich spielt dabei eine zentrale Rolle. Jüngere Forschungsprojekte haben ihr Forschungsfeld auch auf aktuelle Fragen des Verhältnisses von Staat und Kirche ausgedehnt.